Epidémiologie
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La résistance des bactéries aux antibiotiques constitue un problème majeur de santé publique.
L’épidémiologie des entérobactéries est en train de changer rapidement avec la dissémination mondiale d’un mécanisme de résistance de type Béta-Lactamase à Spectre Etendu (BLSE), responsable d’une résistance à presque toutes les pénicillines et céphalosporines.

C’est au début des années 1980, peu de temps après l’introduction en pratique clinique des céphalosporines de 3ème génération, que des souches de bactéries résistantes ont été décrites. Il s’agissait de souches de Klebsiella pneumoniae, porteuses d’un plasmide de résistance qui hydrolysait toutes les béta-lactamines à l’exception des céphamycines et des carbapénèmes (1). Plusieurs enzymes ont alors été décrits (TEM, SHV, CTX-M) qui, jusqu’au début des années 2000, étaient isolés de bactéries colonisant ou infectant les patients hospitalisés, notamment des services de soins intensifs et réanimation (2).

Mais depuis les années 2000, ce mécanisme de résistance diffuse très rapidement au sein des entérobactéries communautaires et notamment d’Escherichia coli. En 10 ans, cette bactérie commensale du tube digestif (108germes/gramme de selles) est devenue l’espèce la plus concernée par la résistance de type BLSE. L’enzyme en cause est souvent une cefotaximase (CTX-M) (3) .L’acquisition de la résistance se fait par transmission plasmidique à partir de bactéries de l’environnement non pathogènes pour l’homme mais naturellement porteuses de ce mécanisme de résistance, les Kluyvera, et par transmission entre entérobactéries.

La proportion de souches résistantes aux C3G parmi les souches responsables de bactériémies, a augmenté en France de 1 à 6% chez E.coli entre 2001 et 2008, et de 5 à 17% chez K.pneumoniae entre 2005 et 2008. Le nombre estimé de bactériémies à E.coli BLSE en France est d’environ 2000 en 2008, et de 1000 pour les bactériémies à K.pneumoniae. (4)

Les entérobactéries BLSE sont aussi résistantes à d’autres familles d’antibiotiques, par la présence de gènes associés sur les mêmes plasmides ou de mutations chromosomiques associées. En France une étude publiée en 2008 menée au sein des établissements de l’Assistance publique-Hôpitaux de Paris montrait que 58% des souches étaient résistances à la gentamycine, 43% à l’amikacine et 68% à la ciprofloxacine (5).

Ces souches vont être décrites un peu partout dans le monde, touchant parfois des personnes sans aucun facteur de risque particulier (6). En Israel, en 2006, 13,7% des bactériémies communautaires étaient dues à des bactéries BLSE (7). Actuellement, en Grèce, en Inde, dans les pays du Maghreb, plus de 40% des souches seraient concernées.

A Nice, les données issues du CHU et de Laboratoires d’analyse médicale de ville, montrent que 4 à 12% des E.coli isolés de prélèvements urinaires sont BLSE. Notre région est particulièrement exposée du fait du tourisme et de son ouverture au Sud.

Le diagnostic microbiologique n’est pas toujours facile, notamment en raison de l’hétérogénéité des béta-lactamases, ou de l’association de mécanismes de résistance, et des modifications des critères de détection recommandés.

Les systèmes experts des automates d’antibiogramme sont fiables pour leur détection mais le biologiste doit réaliser un test de confirmation. Certaines méthodes proposées par le CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute) et le Comité de l’antibiogramme de la Société française de microbiologie permettent une sensibilité et une spécificité proche de 100% : Etest, disque combiné ou test de synergie(4)

Les infections en cause sont essentiellement urinaires, graves en cas d’atteinte rénale ou prostatique, ou de bactériémie, et des études récentes montrent une inadéquation du traitement dans 40 à 60% des cas en raison de ces résistances, et une augmentation de la morbi-mortalité (8,9). Le traitement de référence des infections sévères est constitué par les carbapénèmes.

Cependant l’augmentation importante et internationale de l’utilisation de ces antibiotiques aboutit à l’émergence de nouveaux mécanismes de résistance, les carbapénèmases, qui touchent essentiellement des souches de Klebsiella pneumoniae des pays du bassin méditerranéen (Grèce, Turquie, Israel..) ou du continent indien (NDM-1). En l’absence d’antibiotiques actifs pour traiter ces bactéries, il existe alors une mortalité élevée de ces infections par impasse thérapeutique.

Certains facteurs de risque d’infection à BLSE ont été parfaitement identifiés : La prise dans les 6 mois précédents d’antibiotiques et notamment de céphalosporines de 3ème génération ou de fluoroquinolones, l’âge élevé, le sexe féminin, des co-morbidités comme le diabète ou l’insuffisance rénale et la dialyse, les infections urinaires récidivantes, la chirurgie gynécologique (10). Mais les membres de la famille d’une personne infectée présentent 25% de risque de transmission (11).

De nombreuses études montrent la présence d’entérobactéries BLSE chez tous les types d’animaux (de rente, de compagnie, sauvages), et dans des produits alimentaires. De même ces bactéries sont présentes dans les effluents liquides des hôpitaux, des stations d’épuration ou dans l’eau de consommation (Népal) (4).

La diffusion des entérobactéries BLSE est la conséquence de deux phénomènes :

  • La pression de sélection secondaire à la surconsommation d’antibiotiques, que ce soit en médecine humaine ou vétérinaire.
  • La transmission croisée de la bactérie ou de ses gènes.

Après transmission, soit interhumaine soit par le biais de l’environnement, les souches d’entérobactéries résistantes vont s’implanter dans la flore digestive. En raison de la taille du réservoir, le risque de dissémination est majeur. Un porteur de E.coli BLSE peut éliminer chaque jour dans l’environnement , via les excrétas, 1010 E.coli, expliquant l’appellation de « nouveau péril fécal » donné à cette endémo-épidémie. (4)

La maîtrise du risque de diffusion de ces bactéries est donc un enjeu majeur.

En milieu hospitalier, les recommandations qui ont fait preuve de leur efficacité , notamment dans les infections à SARM, se sont basées sur l’hygiène des mains, le dépistage ,l’isolement contact et la décolonisation. Ici, la difficulté repose sur la taille du réservoir, inaccessible à une décolonisation, la difficulté à définir les patients potentiellement porteurs, la rapidité de la dissémination du phénomène et les conséquences économiques de la mise en place des isolements de type contact.

Une étude récente, ayant pour objectif d’analyser l’efficacité des mesures de limitation de la transmission en milieu hospitalier, a pointé le fait qu’il n’existe aucun essai prospectif sur le sujet(12). Dans les services de soins de suite ou en EHPAD, il est difficile de maintenir ces précautions contact et la priorité est donnée au maintien de la personne dans son milieu. Là également, il y a un manque de données sur l’évolution et la transmission de souches au sein de ces établissements (13).

Au domicile, il n’y a aucune donnée dans la littérature, sur la prise en compte de recommandations faites aux porteurs de bactéries multirésistantes.

Dans ce contexte, le Haut Conseil de Santé Publique à publié des recommandations en février 2010, en insistant sur la nécessité de diffuser une information sur cette problématique à l’ensemble des acteurs de soins (4).

Il existe déjà en région PACA Est, un réseau regroupant autour du CHU les hôpitaux généraux voisins, avec comme objectif l’homogénéisation des pratiques diagnostiques et thérapeutiques en infectiologie : RésO InfectiO PACA Est. Nous avons ouvert ce réseau aux partenaires de soin de ville, notamment aux Laboratoires d’analyse médicale, aux cliniques privées, aux médecins praticiens, pour organiser la lutte contre la dissémination de ces bactéries BLSE.

Nous avons conçu et validé ensemble un outil d’aide à la prise en charge des patients colonisés ou infectés, le Kit BLSE, et défini un circuit d’alerte. En 2012, la plupart des partenaires de ce réseau sont prêts à mettre en place en pratique cet outil. Une évaluation de son intérêt à été réalisée en ville et au CHU (cf travaux du RéSO). La diffusion de cet outil en Italie est l’objectif du projet Alcotra Calires, projet européen tranfrontalier que nous avons débuté fin 2013.